これは、とある錬金術師見習いの少女のお話。​

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ロリテア王国・アイリス城下町で、先生に錬金術を教わっていた少女ジルは、

ある日、一冊の日記帳を手渡されます。

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それは、魔法の旅日記。

世界を旅しながらこれを書くと、そのページが埋まるころには

一人前の錬金術師になれるというのです。

ジルはさっそく大きなリュックを背負って

旅に出かけます。

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旅の途中で、ジルはたくさんの人と出会い、色々なことを知ります。

果たして、彼女は一人前の錬金術師になれるのでしょうか…？

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そして、やがて大きな物語の渦に巻き込まれていく彼女が、

​旅の果てに目にしたものとは…？